Middelalderen (1050-1536) var for en stor del en ufredstid. I 1200- og 1300-tallet var landet præget af intern uro og magtkampe mellem kongemagten og adelen, og de undertrykte bønder gjorde oprør. I midten af 1300-årene var landet tilmed pantsat til Holstenske graver, som plyndrede og brandskattede befolkningen. Det er derfor ikke underligt, at der på denne tid skød mange lokale forsvarsværker op rundt omkring i landet. Enhver måtte passe på sit og sine, og landets store gårde blev typisk befæstet med voldsteder i et forsøg på at holde fjenden ude.
Ved Malling Kirke som blev grundlagt i slutningen af 1100-tallet, findes en specialitet af sådanne fæstningsværker, nemlig en befæstet kirke, hvor lokalbefolkningen kunne søge tilflugt og om nødvendigt forsvare sig fra. Vi ved ikke med sikkerhed hvem som stod bag dette byggeri, men et godt bud kan være den lokale stormand og ridder Johannes Malend, hvis gravsten fra 1200-tallet er indmuret i kirken. Kirken var dengang uden det tårn, sakristi og våbenhus som ses i dag, men lå ellers som nu, omtrent midt indenfor det store omkransende stendige som omslutter den ca. 70 x 50 m store kirkegård.
Arkæologiske undersøgelser har påvist, at stendiget - eller snarere stenmuren - omkring kirken er en del af en befæstning fra omkring år 1200. Mod vest, syd og øst kunne man i udgravningerne også se, at der i ca. 6 m afstand udenfor muren har været en spidsbundet og ca. 4 m bred voldgrav. Langs vestsiden mod hovedgaden ses voldgraven stadig.
Ringmuren har to byggefaser. Den første mur som var omkring en meter bred, blev siden hen udbygget til næsten 2,5 m tykkelse og en højde på over 3 m. Herunder blev der også tilføjet et stenbygget rundt tårn i murens sydøsthjørne, der beskyttede portåbningen i den sydlige ringmur, som lå ind til tårnets vestside.
Tårnet er som ringmuren bygget i natursten lagt i kalkmørtel. Det måler 11 m i diameter og har en murtykkelse på 1,5 m.
Den store overraskelse ved undersøgelserne fremkom i tårnet. Her fandtes omkring 30 skeletter fra begravelser i middelalderen.
Næsten alle grave var orienteret øst-vest og med hovedet i vestenden. Kulstof-14 analyser viste, at begravelserne er foretaget mellem år 1350 og 1450, hvorfor tårnet må formodes at være opført engang i begyndelsen af 1300-tallet. Nichen i vestsiden af den nordvestvendte indgang til tårnet fra kirkegårdsarealet repræsenterer sikkert en alterniche, og sammenholdt med begravelserne er det derfor nærliggende at tolke tårnets underste etage som at middelalderligt kapel.
De arkæologiske undersøgelser har endnu ikke omfattet arealet under kirken, som måske rummer tilsvarende overraskelser.
I Østjylland har tre andre kirker, nemlig kirkerne i Odder, Vejlby og Mårslet, tilsvarende tykke fæstningsmure, men ingen af disse kirker har været genstand for arkæologiske undersøgelser.